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生物毒素是指作为食品的动植物种存在某种对人体健康有害的非营养性天然物质成分，或者因贮存方法不当，在一定条件下产生的某种有毒成分。

微生物无处不在，微生物既是人类的敌人，更是人类的朋友。 微生物在许多食品生产中起着至关重要的作用，但同时也是导致食品腐败变质的元凶。

生物毒素种类包括：

细菌毒素

真菌毒素

动物毒素

植物毒素

海洋生物毒素

食品中常见生物毒素有：

动物性天然毒素:

动物肝脏中的毒素，河豚毒素，岩蛤毒素，螺累毒素，组胺

植物性天然素:

氰苷，红喜好凝集素，皂苷，龙葵碱，秋水仙碱，棉酚，毒蘑菇

真菌（霉菌）毒素:

黄曲霉毒素，展青霉毒素，单端孢霉烯族化合物，玉米赤霉烯酮，杂色曲霉素，棒曲霉素，岛青霉毒素，其它霉菌毒素